Η βλάστηση αποτελεί τη «ραχοκοκαλιά» της λίμνης Δοϊράνης, όπως και κάθε υγροτόπου. Τα φυτά παρέχουν τροφή και καταφύγιο σε πλήθος ζώων, ενώ οι ρίζες τους συγκρατούν και σταθεροποιούν το έδαφος.
Μια προσεκτική παρατήρηση της βλάστησης που αναπτύσσεται στη Δοϊράνη αναδεικνύει τη διαδοχή των φυτικών ειδών από την όχθη ως τα βαθιά νερά. Λευκές ιτιές,ασπρόλευκες και πλατάνια, βούρλα εκεί που το έδαφος καλύπτεται από νερό περιστασιακά, αγριοκάλαμα και ψαθιά, στα ρηχά νερά, αλλά και νούφαρα, ποταμογείτονες και μυριόφυλλα στα βαθιά, οργανώνονται σε ομάδες για να οργανώσουν ενότητες βλάστησης. Οι ενότητες αυτές φύονται, συνήθως, σε επάλληλες ζώνες, ακολουθώντας κανόνες που υπαγορεύουν παράγοντες, όπως η σύσταση του εδάφους και η υγρασία.