Οι καλαμώνες αποτελούν φυσικά φίλτρα εξαιρετικής σπουδαιότητας. Με την ικανότητά τους αυτή έχουν την ικανότητα τα βελτιώνουν την ποιότητα του νερού είτε άμεσα είτε έμμεσα.
Μέσω των φύλων τους δεσμεύουν οξυγόνο από την ατμόσφαιρα και το μεταφέρουν στις ρίζες τους, από όπου και το αποδεσμεύουν. Το οξυγόνο εμπλουτίζει το νερό και το έδαφος των υγροτόπων, ενώ ένα μέρος του δεσμεύεται από τους οργανισμούς. Για την ανάπτυξή τους προσλαμβάνουν επίσης θρεπτικά στοιχεία (άζωτο και φώσφορο) από το νερό, περιορίζοντας έτσι φαινόμενα ευτροφισμού και έλλειψης οξυγόνου στο νερό.
Οι ρίζες τους δημιουργούν το κατάλληλο υπόστρωμα για την ανάπτυξη των μικροοργανισμών, οι οποίοι διασπούν τις πολύπλοκες οργανικές ενώσεις που βρίσκονται στο νερό σε απλούστερες. Η ιδιότητα αυτή βρίσκει εφαρμογή στα συστήματα τεχνητών υγροτόπων που κατασκευάζονται για την επεξεργασία υγρών αποβλήτων.
