Ο υγρότοπος της Δοϊράνης παρέχει φιλοξενία σε 4 είδη ερπετών, μεταξύ των οποίων το κοινό νερόφιδο και η βαλτοχελώνα.
Μέσα και γύρω από τα νερά της λίμνης μοιράζουν τη ζωή τους και πολλά αμφίβια (συνολικά 10 είδη), όπως ο βάτραχος του είδους Rana balcanica, αλλά και είδη που συγκαταλέγονται στα προστατευόμενα, όπως ο πηλοβάτης και ο λοφιοφόρος τρίτωνας, το μεγαλύτερο είδος τρίτωνα στην Ελλάδα.